外壁塗装について今施工をしていますが、最終立ち会いに、一緒チェックをしてくれる第三者機関などありますでしょうか？

一般的にはないです。

インスペクションは、中古住宅等の売買前に行うことを前提とされており、塗装の確認をすることはないといえます。



有料で確認をするサービスはあると言えばありますが、交通費と消費税別で１０万円くらいかかりますので、特別な事情がないと依頼する人は少ないです。