私はどちらかというと反対派です。
スパイ防止法の懸念はご質問者様の通りです。
加えて、仮に告発者が保護されるような法案だったとしても、誤認逮捕を避けられる法案だったとしても、法律というのは時間が経てば時の政権により恣意的に解釈の拡大や変更がなされるものです。
未来を担う政権が拡大解釈や変更しない保証はどこにもありません。
また、現在再審法改正が検討されていますが、こちらも検察側が有利になるよう改正されれば冤罪であっても誤認逮捕後に覆す事が難しくなる恐れもあります。
1985年にスパイ防止法の制定を日本国内で声高に叫んでいたのは旧統一協会及び協会が母体である国際勝共連合です。
政治との癒着のあった旧統一協会との繋がりのある議員が政治家として活動している以上、早期にスパイ防止法の制定を図る事は非常に危ういと思います。
仮にスパイ防止法の制定を目指すのであれば、誤認逮捕されない事、冤罪者救済の為の再審法改正に動く事、時の政権による一切の拡大解釈を禁ずる事、旧統一協会及び国際勝共連合と繋がりのある与野党議員も全員処罰対象とする事。
最低でも以上をクリアの上、制定を目指すべきであると思います。