それらの公園にニホントカゲがいないかって話は分かりません。
※実際、水元公園では目撃情報が挙がってるみたいです。
ただ、例として挙げられている場所だけで考えると、『きれいに整備され過ぎているから』だと思いますよ。
ニホントカゲやカナヘビがいる所は
・餌が多い所
・日当たりが良い所
・身を隠せる場所が多い所
です。
そのため、石垣とか倒木とか、凹凸、隙間が多い所には増えやすいですよね。
土とかも綺麗に管理された芝生とかってなると、餌も少なそうですしね。
ちなみに、東側にある公園でも、目黒区と品川区の境目にある林試の森公園付近では結構な数生息してますよ。