自分の連打君は元気にsteam版でも問題なく働いたので、PCにトロイので分かりませんがもしかしたら主さんのデバイスで何かが起こった可能性があります。
解決策かどうかはわかりませんが、steam版ではMODが入れられるので「Cookie Assitant」をいれればオートクリックがあるので連打君と同じような使い方ができます(むしろこっちの連打の方が速い)。ただ、MODを入れることに抵抗があるのなら無理にやらなくてもいいと思います。あくまでクッキークリッカーの痒いところに手が届くような設定が多いので、バランスを過度に崩壊させるようなものはありません。
参考↓
https://volx.jp/cookie-clicker-mod-cookie-assistant