二重に申告する必要はなく、今のやり方で全く問題ありません
確定申告は、会社での給与、副業、株の利益、そしてiDeCoの控除など、あなたの1年間のすべてをまとめて計算する作業です。会社でiDeCoの申告（年末調整）をしていなくても、確定申告書にiDeCoの金額を記入すれば、正しく税金が還付されます。
もし会社の年末調整と確定申告の両方でiDeCoを申告してしまうと、控除が二重に適用された状態で計算されてしまい、後から税務署から確認が入ったり、修正申告が必要になったりするケースがあります。
したがって
会社にはiDeCoのことは伝えず、給与所得のみで源泉徴収票を作ってもらう。
それから、その源泉徴収票＋iDeCoの証明書＋株の報告書をセットにして「確定申告」をする。
この流れが、計算ミスも起きにくく最も確実です。今のまま自信を持って確定申告を進めてください。
