学校で習ったことと、違うことが出てくると混乱しますよね。
整理すると、
① I would rather you came earlier.
〔仮定法過去〕意識される時間は現在（形式上は過去）
・現実と違うことへの不満・改善希望
「（今回は遅かったけど）もう少し早く来てほしかった」
② I would rather you had come earlier.
〔仮定法過去完了〕意識される時間は過去
・取り返しのつかない後悔。その出来事は完全に終了していて、もう修正不可
「早く来てくれていればよかったのに」
です。ここまでが学校で習ったことですね。実はもうひとつ、
③ I would rather you come earlier.
〔現在形／原形〕意識される時間は現在・未来（これからの行動）
・現実的・実務的な希望／依頼。まだ実行可能。単なる要望で、反事実ではない
「（これからは）早めに来てください／来てもらえると助かります」
というのがあるんです。
仮定法を使わず、時制が現実世界に直結していて、would が 丁寧化（politeness） として働いているため、「責め」より「お願い」がが前面に出ます。「earlier」があるので、過去に「later」があったことが推定されますが、文法上は過去に「遅かった」事実があったかどうかは規定しません。つまり「責め」のニュアンスがとても軽くなります。
「できればそうしてほしい」という穏やかなリクエストの表現として、特に アメリカ英語・ビジネス文脈 でよく使われます。
試験問題でも、文脈が 依頼・提案、過度に仮定法っぽくしない、実用英語寄り、という使い方で、come（原形）を正解にする問題が増えています。
