出張族なので年40泊程度agodaを利用してますが、私は運が良いのかトラブルにあった事は有りません。
知恵袋にもトラブルの質問が結構ありますが、大抵は2重予約、キャンセルされて無いが殆どで、キャンセルや予約のメールを受け取っていないです。
2重予約は予約メールが来なく決済画面で進まなくなった方が多いです。
agodaに限らず海外サイトはトラブルは付き物ですので、メールが来なかったり、手続きが途中で終了した場合は必ずカスタマーに確認して下さい。
後で何かあっても相手がいい訳できないようにしてください。
ホテルは国内なら電話で予約確認すれば良いし、海外ならメール確認すると良いでしょう。