こんにちは、卒業証明書を出せなかったとのことで不安ですよね。センターのマイページは確認されましたか？お金が振込済みなら、おそらく審査中となっていると思うのですが。
書類に不足や不備がある場合は後日センターからメールなどで通知があり、再提出を求められるはずです。どうしても不安ならお住まいの地域に建築士会の支部があるはずなので相談しても良いでしょう。ちなみに私は二級建築士の合格後に免許申請の時点で受験時の書類に不備が見つかって、大いに肝を冷やした経験があります。
残業が多くて大変でしょうが、試験に向けて学習を進める事をお勧めします。
応援しています、頑張ってください！
