JRのPayが楽天Payと将来統合するかどうかについては、具体的な計画や決定が発表されていないため、私自身の見解を述べるのは難しいです。しかし、統合が行われた場合、現状のサービスが変更される可能性があります。例えば、あなたが挙げているように、手数料収入の構造やクレジットカード、ポイントプログラムの取り扱いなどが変わるかもしれません。
一方で、楽天との統合によっても新しいサービスや利便性が提供される可能性があります。ただし、大量のDMが送られてくるという点は、多くの顧客にとって負の側面である可能性もあります。これは既存のサービスと楽天のサービスの両方から情報を提供することによって生じる可能性があります。
結局のところ、最終的な決定はJRグループと楽天グループによるものであり、その内容は顧客の声にも影響を受ける可能性があります。そのため、統合が行われた場合の具体的な影響については、実際に発表された内容や、実際の利用体験によって判断されるでしょう。