会社が日本年金機構から受け取った還付金のうち、あなたが負担した分を返さないのは不適切で、少なくとも返還義務がある可能性が高いです。
社会保険料は月末時点で資格がある人にその月分がかかる仕組みなので、月途中退職なら「その月分は本来かからない」のが基本です。会社の資格喪失手続きが遅れて月末まで加入扱いになっていたり、国保や国民年金の加入日がずれて重なったりすると、重複が起きます。重複分は日本年金機構から会社へ還付され、会社は本人負担分を本人へ返すのが通常です。社内規定で返さない、は通りにくい説明です。
「罪になるか」は、状況次第です。単に事務処理を放置している段階ではすぐ犯罪と断定しにくいですが、還付金を受け取ったのに返さない状態が続くと、不当利得として返還を求められますし、悪質で意図的だと業務上横領などの問題に発展することもあり得ます。
相談先は、日本年金機構の年金事務所(会社への返還指導や手続き状況の確認)、健康保険が協会けんぽ等ならそちら、給与から天引きされた本人負担分が返ってこないという点は労働基準監督署、金額の回収方法は法テラスや弁護士、になります。