JR九州在来線特急をJR九州のネットで予約しました。東京駅で発券できますでしょうか？

西日本（ＪＲ東海より西）の通常の特急券を予約する場合はe5489で予約するのが一番確実です。e5489なら東京駅でも切符が受け取れます。