日本語では「は」が主語になるので、おそらく質問者さんは「秋には」の「は」に惑わされて主語を autumn にしたのだと推測します。
しかし、「秋には」は「秋に」ということなので、ここでは修飾句として in autumn とします。
大切なのは「は」にとらわれず、文全体を見渡して、動作主、つまり主語が何であるのかを考えることです。
質問文は「葉が落ちる」なので動作主は「葉」であるとわかります。
ですから主語は、leaves です。
leaves がどうしたのかと言えば「落ちる」ので、leaves fall となります。
最後に「秋に」をもってきて、in autumn とします。
ですから
Many leaves fall in autumn.
になります。
繰り返しますが、日本語に惑わされず、まずは動作主となる主語が何であるのかを見極めてください。
主語が決まれば主語に沿った適切な動詞を選んでください。
動詞が決まれば、目的語や補語を必要とするのかどうかを判断してください。
五文型を勉強してください。よくわかるようになります。