レプトスピラワクチンは基本的に血清型特異性が高いので、流行血清型と不一致だと感染自体の防御効果はかなり落ちると考えた方がいいです。
同じセログループ内で多少の交差防御は期待されますが、発症軽減レベルにとどまることも多く、完全な感染予防は難しいケースが現場感として多いです。
そのため実務では、地域で検出されている血清型(またはセログループ)を把握したうえで、それをできるだけカバーする多価ワクチンを選ぶのが基本になりますし、リスクが高い地域や生活環境(河川・野生動物接触など)では接種間隔を短めに維持することも検討されます。