ご認識のとおり、日本国籍のかたは2026年末までK-ETAは免除されています。なので、そのメッセージが出ても予約はそのまま進めてかまいません。メッセージが出ても予約はできるはずです。
Trip.comのそのメッセージはシステムの仕様ですから、K-ETAが免除されている国籍のかたでも表示されます。Trip.comを利用するのは日本人だけではなく、K-ETAが必要な国籍の人もいるのでこのようなメッセージが表示されるようになっています。
予約はそのまま進めて航空券を取り、韓国への入国前に電子入国申告(e-Arrival Card)の登録をすればOKです。
https://www.e-arrivalcard.go.kr/portal/main/index.do?locale=JP
