エンドフィールドの質問です。主人公の性別がいつでも変更できるとのことですが、ストーリのムービーの時に主人公が出てきた場合、今の性別で出てくるのですか？それとも一番最初に選んだ性別が固定なのですか

エンドフィールドの設定について、主人公の性別がゲーム中いつでも変更できるように設計されているということですね。ストーリーのムービーでは、そのストーリーが進行した時点での主人公の性別で登場することになります。つまり、最初に選んだ性別が固定されるわけではなく、変更した状態で反映されるということです。
ただし、ムービーの再生タイミングによっては、ストーリー進行の段階によって主人公の性別表示が異なる場合もあるかもしれません。そのため、ムービーを再生するタイミングを意識して選ぶと良いでしょう。