新横浜から藤沢までjr東海道線に乗り移動するつもりですが、線路の異音で遅延しているみたいなので、もし明日まで遅延する場合は、相鉄線に乗り小田急で、移動することを考えた方が良いですか？

大きな事故などがあった場合は翌日まで影響が出る可能性がありますが、異音の確認程度であれば多少の遅れで済むので、運行状況次第で考えた方が良いかと思います。
新横浜〜藤沢へのルートは、横浜線＋京浜東北線＋東海道線以外にも、相鉄で大和または湘南台まで行って小田急に乗り換えるルートもあります。
(階段移動が少ないので大和乗換がおすすめ)