①についてですが、福岡市のように「乙欄該当の給与は普通徴収」としている自治体は、今でも他にあります。
主たる給与と従たる給与を分けて扱ったほうが事務的に分かりやすいため、その運用を続けている自治体がある、というのが実情です。
ただし、将来的には特別徴収へ一本化する流れが国としてあるので、R8年分から切り替えると明記している自治体や、まだ方針を書いていない自治体が混在しています。
次に②ですが、副業先が必ずしも乙欄になるとは限りません。
副業先に「ここが主たる給与です」と申告していれば甲欄になりますし、年の途中で本業と副業が入れ替わった場合なども、乙欄にならないケースがあります。
その場合でも、自治体は各勤務先から提出される給与支払報告書をすべて合算して収入を把握します。
甲欄か乙欄かは住民税計算ではあまり重要ではなく、自治体が主たる勤務先を判断したうえで、特別徴収にするか普通徴収にするかを決めている、という理解で大丈夫です。