経営者側です。おっしゃる通り法的にはその形態は業務委託ではなくて雇用契約になりますが、暗黙の了解という言葉があってそれを言い始めると世の中の歩合のお仕事が殆どなくなっちゃうのも現状です。
あなたが実名で労基に行くと必ず会社はお呼び出しを受けます。またあなたがチクったことは何だかんだでバレると思います。
もし改善命令が入れば、あなたが今のまま歩合で働き続けることができなくなると思います。皆勤賞もなくなると思うのであなたが損をしませんか?
出社時間をフリーにするなんて経営側からすると不可能に近いことなので、そのあたりをよく考えて行動してみてはいかがでしょうか?