事業者が不動産会社ということを前提に回答させていただきます。
① 修繕工事が不動産会社の関連会社でしか行えないケースが殆ど
⇒ 質問者様が家を建てて人に貸した時点で、基本的に建物の修繕義務は質問者様に発生することとなります。
その上、不動産会社の一括借り上げの場合、修繕工事は不動産会社の関連会社で行うことを契約条件としていることが殆どなので、基本的に割高になります。不必要な修繕工事を入れ込んでくる可能性もあります。
この修繕工事が頻繁に発生していたりすると、貯めこんできた賃貸収入が殆ど無くなってしまうかもしれません。
② 不動産会社を『借主』としてしまうことのリスク
⇒ 40年家賃保証ということでしたが、これは基本的に借主である不動産会社の家賃減額交渉や修繕工事の申し出に全て従った上で保証される『かもしれない』ということでしかありません。
この申し出を断ると、不動産会社は契約の破棄=解約が出来るようになっているのが殆どです。不動産会社がいなくなってしまった後は、借金と古くなってしまった家だけが残る為、それを避けるために申し出を受けるしかないというのが実状です。
借主の権利が非常に強い今において、ノウハウが豊富な不動産会社を借主にするというのは、同時に大きなリスクを抱えるということを頭に入れておく必要があります。
③ 将来的に不動産収入が逆ザヤになる可能性
⇒ 古くなった家は家賃を減額しなければ中々借主は現れません。ですので、将来ほぼ必ず不動産会社は家賃の減額交渉をしてくると思われます。それが本来の家賃の半分になるか幾らになるかは分かりませんが、かなり減額されるのは間違いないでしょう。
しかし、建物の修繕工事費用は人件費や資材の高騰で増額の一途を辿るばかりであり、家賃は減額されたのに修繕費用が増えたのであれば、不動産収入が赤字になる恐れもあります。
個人的には不動産会社を借主とした一括借り上げ契約はお勧めできません。
今はよくても、将来的に考えれば後悔する可能性が高いからです。
相続のことを考えるのであれば、まだ他に方法はあると思います。
税理士の先生にご相談されることを強く勧めます。