派遣社員について派遣元と派遣先で年間休日日数が異なる場合、その派遣社員は日数の差を有給休暇の充当や現在の派遣先とは全く無関係な現場でスポットで働くことになるのですか？派遣社員の年間出勤日数はあくまで派遣元の年間出勤日数に基づきますよね？

その辺の事情は派遣契約時に話し合いが行われているはずです。

「派遣先のカレンダーに従う」などの文言が契約書に書かれています。



その上でもし派遣元会社より多い日数働けば超過分は休日出勤扱いになる事が多いです。逆に少ない場合は派遣労働者が派遣元の指示に従う事になります。