Q1 財産は少ないほど相続税は少なくなります。
A1 そのとおりです
見かけ上の株式資産は1億円ですが、実質的には9,000万円の株式資産ということですが、その見かけ上の株式資産をもとに相続税は課税されますね
相続した人が売却する際には、質問者が株式を購入したときの取得額との差額（利益）に対して課税されます
例外があって、相続３年以内に相続した人が売却する際に「取得費加算の特例」という制度を使うと、納めた相続税の分が取得額に加算できます
この制度があるから「ま、いっか」と思う人もそれなりにいると思います
Q2 財産を少なくするために5000万円の含み益を全て利確して同じ株を買い直すと税金（20％）を引かれて財産は9000万円（手数料無視）になります。死ぬまでにこういう操作（利確）をしておいた方がいいでしょうか。
A2 そうなんですよね
相続税対策だけでみると、利確/益出しであらかじめ税金を納めて資産を圧縮しておいたほうが、お得です
とはいえ、個人投資家・特に高齢者だと感情というか心情として抵抗感ありますよね
言ってみれば、株式投資家にとって「含み益は精神安定剤」です
おそらく質問者も今年の４月ごろのトランプ関税騒ぎでそれなりの株価下落を経験したと思います
たぶん数百万円あるいはもっと下がったでしょう
しかし十分な含み益があったなら、「またトランプがやりやがった、しょうがねえなあ」と思っても狼狽売りせず持ち続けることができ、結局は値が戻るどころか含み益が増えた一年だったでしょう
これが、利確した後のプラマイ０からマイナス数百万という含み損になったとしたら、精神的にキツイですよね
人間は失うことに強い痛みを感じるものです
その意味で、「死ぬまでにこういう操作（利確）をしておいた方がいい」とは言い切れません
私にはベストな方法は思いつきません
ご家族（法定相続人）と「取得費加算の特例」などの制度について、あらかじめ相談して万が一の時のために備えておく、というぐらいしかアドバイスできません
国税庁の公式サイトの説明を参考にしてください
https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/joto/3267.htm
No.3267 相続財産を譲渡した場合の取得費の特例
