元々は一等車、二等車、三等車と区分され、運賃から異なりました。現在のような乗車券+特別車両券ではなく、各等ごとに運賃が定められていました。
これが、1960年の等級整理による一等廃止、二等を一等、三等を二等と呼称変更を経て、1969年に等級制度が廃止、旧来の三等に当たる運賃を普通運賃とし、二等は乗車券に加えてグリーン券を別途要するグリーン車と改められました。
グリーン、という呼称の理由は詳しくはわかっていません。
車両の窓下に区別のために一等車は白、二等車(のち一等車)は淡緑の帯を巻いていたことから、という説が有力です。
その他「みどりの窓口」のように、緑というカラーとことばにクリーンなイメージもありました。
グリーン車となってからも、電車・気動車特急用車を除いて長く窓下に淡緑色の帯が巻かれていました。
