最初はそういうものです。あなたが感じている違和感は、実は成長の段階を踏んでいる証拠なんです。
音読が上手くいかないのは、単語の発音やイントネーションの知識がまだ定着していないからです。でも繰り返すことで、耳と口が慣れていきます。構文を意識しながら読むのが難しいのも、同じ理由です。最初は「構文を認識する」と「流暢に読む」を同時にできないのが普通です。
ここで大事なのは、無理にスラスラを目指さないことです。最初の数回は構文をしっかり意識しながら、ゆっくり読む。その後、同じ長文を何度も繰り返し読むと、だんだん脳が内容を処理するのに必要なリソースが減っていき、自然と流暢さが出てきます。
目安としては、同じ長文を5回から10回繰り返し読めば、かなり違ってきます。新しい長文ばかりを追うのではなく、一つの文章を何度も繰り返す方が、音読の効果は高いです。
焦らず、「今は構文と発音を同時に処理する段階だ」と割り切って、繰り返すことを信じてください。確実に上達します。