そもそも質問の件が憶測であるので、だからわからないという回答になります。
それを前提にもし付け加えるなら、
日本がなぜ核兵器を育成することになったのか?
その経緯が肝心かと思われます。
現在の日本は日米同盟とは言いながらも対等ではありませんね。
米国の属国に近い同盟関係です。
つまり、IAEA以前の問題として、アメリカの了解なしに核兵器の製造をすることはあり得ないし、もしあるとすれば、アメリカとの同盟関係に何らかの支障をきたした場合のみとも言えます。
だから既にアメリカの同意を得られたとすれば、IAEAがどんなに騒いでもアメリカや西側諸国の同意で何とでも抑えられます。
IAEAは国際連合の専門機関ですから、5大国の発言力は強大です。
そして、慈善事業ではありませんから各国からの人材派遣と拠出金で成り立っている組織ですから、金を多く出す国には文句は言いにくいのです。
日本だけは国内に反日スパイが横行しているので別ですけどね。
国際法で禁止をされている領土を奪う戦争を行っている、ロシアや中国に対して注意は出来ても何も手出しは出来ないわけですから。
またIAEAは世界で最も日本を厳しく監視をしていますが、日本は創立当時から理事国の一員でもあります。
そういった経緯から、事務方のトップである天野事務局長がいらっしゃったわけですね。
まぁ、ペナルティーとして理事の椅子の返却はしなくてはならないでしょうね。