鎌倉幕府や江戸幕府の後期は幕府に反旗をあげた人はいても室町時代の後半と違ってあっちこっちで国取り争いが起きていた訳ではないのは何故ですか。

敵が違います。
末期鎌倉や江戸幕府は権威は弱まれど依然として国の支配者として君臨していたので、武士たちにとって最初に倒すべき敵でした。
後期室町は違います。もはや支配力を失い大名たちを統制する力さえ失っていました。強大化した大名にとって脅威だったのは幕府よりも隣人であり、だから国取り合戦が起こったのです。