これは現状のケースによります。
例えば、現在何かトラブルが生じている場合として、それが業法35条の重要事項説明の不足等が生じている場合には、A社とB社が連帯して責任を負います。
不動産会社が売主(A社)の場合、売主にも説明義務があります。また、その取引に仲介業者(B社)が入る場合には、B社にも説明義務が発生します。
実務的には代表としてA社が説明をしたのでしょうが、本来はB社の取引士も同席して説明に加わるべきでした(加わらなくても違法ではない)。
何にモヤっとしているかは分かりませんが、実態として損害が無いのであれば、余り考えないことをお勧めします。
A社が売主でも、元々はB社の斡旋でA社が取得をし、その結果今回の分譲、あなたの購入という流れだとしたら、売却の際にもB社が仲介として入ることは、業界では珍しくありません。
損害なくして賠償も無いですし、せっかくこれからマイホームを建てるという楽しいイベントが待っておりますので、そっちに注力された方が宜しいかと